Sejarah Desa Tondegesan Dua berakar dari kisah komunitas tua yang mendiami kampung bernama Lausan. Mereka terpaksa meninggalkan tempat itu karena sering terjangkit wabah penyakit, yang membuat kehidupan di sana tidak lagi nyaman. Dalam upaya mencari tempat tinggal baru yang lebih aman, sejahtera, dan bebas dari masalah, kelompok masyarakat ini berpindah dan menamai kampung baru mereka Tondegesan. Nama ini sendiri diambil dari bahasa Tontemboan, yakni "TOU E REGES," yang secara harfiah berarti 'orang yang dianginkan' atau mencari suasana baru. Setelah berhasil mengukir wilayah tua-tua kampung yang memadai, komunitas ini mengajukan kepada pemerintah untuk disahkan, dan pada tahun 1848, Desa Tondegesan pun resmi diakui sebagai desa dengan Hukum Tua pertamanya, Bapak Johanes J. Lapian. Kehidupan masyarakat desa ini dikenal sangat damai, tertib, dan rukun, didukung kuat oleh adat istiadat dan nilai-nilai spiritual. Ketaatan beragama terlihat jelas dengan didirikannya gereja utama, Gereja GMIM, pada tahun 1956, yang kemudian diikuti oleh berbagai denominasi lain, seperti KGPM, Pantekosta, dan lainnya. Berjalannya waktu dan meningkatnya jumlah penduduk di desa induk Tondegesan menyebabkan kebutuhan akan pemekaran wilayah. Oleh karena itu, pada tanggal 27 Agustus 2008, proses pemekaran diinisiasi dengan terbentuknya desa persiapan Tondegesan Dua. Barulah pada 2 November 2010, Desa Tondegesan Dua resmi menjadi desa definitif berdasarkan Surat Keputusan Pemerintah Kabupaten Minahasa. Kini, Desa Tondegesan Dua telah berkembang menjadi wilayah mandiri yang dihuni oleh 228 Kepala Keluarga dan terbagi ke dalam empat Jaga, dengan pemerintahan yang dipimpin oleh seorang Hukum Tua definitif.